در میان مشکلات چاپ فلکسو کثیفی در چاپ می تواد ناشی از ترکیبات مرکب، مشکلات جنس چاپی، آلودگی محیط چاپ و هر چیز دیگری باشد. کثیفی در چاپ اغلب به صورت لکه های مرکب ظاهر شده و باعث ایجاد ظاهر کثیف یا چاقی ترام در نواحی خیلی روشن می شود.
۱ - آلودگی و کثیفی
۲ - خشک شدن مرکب
۳ - ویسکوزیته نامناسب مرکب
۴ - آنیلوکس غیر آماده

1 - آلودگی و کثیفی:
آلاینده های موجود در هوا هرکجا که می رویم مخصوصا در چاپخانه فعال ،مارا محاصره می کنند. ماشین آلات چاپی باعث ایجاد الکتریسیته ساکن می شود که درنتیجه ذرات گرد و غبار شناور در هوا،ذرات ریز کاغذ و سایر آلاینده ها به آنیلوکس،مرکب و کلیشه یا حتی جنس چاپی جذب می شود.بنابراین،ترکیبات مرکب در هرکجا که بااین آلاینده ها تماس داشته باشد به خطر می افتد.
مشکلاتی که قابل دیدن نیستند را نمی توان متوقف کرد،اما با نگهداری های معمول و تهویه مناسب محیط چاپ، آلودگی را به حداقل می رساند.

2- خشک شدن مرکب:
مرکب خشک شده روی سلول های آنیلوکس یا کلیشه یا جنس چاپی نیز می تواند باعث کثیفی در چاپ شود.این ها به راحتی می تواند یکی از اجزای چاپ باشد که از آن غفلت می شود.
اگر مرکب خیلی سریع، نادرست یا خارج از تعادل خشک شود ممکن است روی آنیلوکس دکتربلید(Doctor blade) و یا کلیشه بماند و مشکلات جدی در انتقال جوهر ایجاد کند.این مشکلات مرکب در یک طرف چاپ می تواند منجر به کچلی در چاپ Skip out)) و یا دیگر مشکلات مانند کثیفی در چاپ شود.
شرایط محیط چاپ از دما تا رطوبت همیشه در سرعت خشک شدن مرکب موثر است. در هوای گرمتر و خشکتر الکل ،آب و حلال های مرکب خیلی سریع تر تبخیر می شوند.کارشناسان معتقدند دمای f° 72 و رطوبت 50% بهترین شرایط یک محیط چاپ برای به حداقل رساندن مشکلات محیط در کثیفی چاپ است.

3 -ویسکوزیته نامناسب مرکب:
مرکب می تواند خیلی روان یا غلیظ باشد.اگر غلیظ است به معنی ویسکوزیته زیادتر است.که تاثیر بسیاری در چگونگی انتقال مرکب دارد.هرچه مرکب غلیظ تر باشد، در اجزای چاپ جمع می شود که علاوه بر ایجاد کثیفی در چاپ میتواند منجر به مشکلات دیگر مثل پر شدن و پل زدن شود.

4-آنیلوکس غیر آماده:
آنیلوکس یک سیلندر است که کار انتقال مرکب به کلیشه را انجام می دهد. میزان مرکب منتقل شده توسط یک پترن کوچک که سلول نامیده شده در سطح آنیلوکس قرار دارد کنترل می شود.مرکب خیلی زیاد روی سطح انیلوکس به معنی مرکب خیلی زیاد روی جنس چاپی است.
شما باید آنیلوکسی با حجم و تعداد سلول مناسب انتخاب کنید.
حجم سلول: کل فضای موجود سلول ها برای نگهداشتن مرکب در 1 اینچ مربع روی سطح آنیلوکس است.
تعداد سلول:تعداد سلول های موجود دریک اینچ مربع از آنیلوکس است.
علاوه بر این متخصصان صنعت چاپ اکیدا توصیه می کنند که LPI (تعداد خطوط در یک اینچ)آنیلوکس حداقل شش برابر بزرگتر از LPI چاپ باشد.این کار از فرو رفتن ترام در حفره آنیلوکس جلوگیری می کند.